Selain ruangan pendopo, pengunjung akan digiring untuk mengunjungi ruang Bhineka Tunggal Ika. Di sana ada panel-panel budaya yang merupakan simbolis lima pulau besar di Indonesia, yakni Galungan (Jawa), Kapal Pinisi (Sulawesi), Rumah Gadang (Sumatera), Batang Garing (Kalimantan) dan Ukiran Suku Asmat (Papua).
Di lantai tepat di pintu masuk, terdapat ornamen peta Indonesia dan kekayaan alam flora dan fauna laut serta di atap ada ornamen yang menggambarkan kekayaan flora dan fauna Indonesia darat dan udara.
Keluar dari area Bhineka Tunggal Ika yang mencerminkan budaya, area selasar menuju perpustakaan juga terdapat panel keagamaan yang meliputi Hindu-Budha, Islam dengan gambar Masjid Baiturrahman, panel yang menceritakan pedagang Tiongkok, serta Kristen dengan gambar Katedral dan Gereja Blenduk. Visual ini memperlihatkan keberagaman agama yang hidup berdampingan dengan harmonis.
Untuk menuju perpustakaan, terdapat dua kolam ikan besar yang di tengahnya ada jalan, yang merepresentasikan kisah Nabi Musa yang membelah laut merah. Jembatan ini juga disebut Jembatan Pencerahan yang diartikan pentingnya menghubungkan iman dan taqwa dari panel budaya dan agama dengan iptek dari perpustakaan yang ada di depannya.
Di dalam perpustakaan Wisma Habibie Ainun terdapat sekitar 5.000 koleksi buku. Meskipun Habibie terkenal dengan pemikirannya mengenai teknologi dan dikenal sebagai teknokrat ulung, namun ia juga menaruh perhatian besar pada budaya. Putri mengatakan semua buku yang ada di perpustakaan ini merupakan buku budaya dan tidak ada buku tentang teknologi atau teknik.
Perpustakaan ini diresmikan 11 Agustus 2009. Di sini juga terdapat miniatur pesawat yang dibuat Habibie yaitu N250 dan CN235, serta lukisan potret Habibie-Ainun yang merupakan karya dari seniman Basuki Abdullah.
Tur terakhir adalah mengunjungi Taman Intelektual yang merupakan taman terbuka. Terdapat patung yang melambangkan nilai intelektualitas seperti The Thinker karya Rodin dan The Thinker versi abstrak cyladic, patung Ganesha simbol kecerdasan, dan patung Bodhisattva. Di sini juga tempat Habibie di masa tuanya sering berjalan kaki mengitari taman tersebut sambil berfikir. Di sini juga banyak tanaman yang juga merupakan kegemaran ibu Ainun yang menyukai bunga-bunga dan rindangnya pohon.
Wisma Habibie Ainun dibuka untuk publik dengan kuota terbatas karena alasan mempertahankan nilai sejarah dan banyak benda-benda lampau dan otentik yang sangat dijaga oleh keluarga. Seluruh area wisma juga bisa disewakan untuk keperluan acara seperti pernikahan, lamaran, atau pameran kebudayaan. (ant)